Bu sırada Sivas Yıldızeli bölgesinde çapulculuk yapan Zalim Çavuş grubu üzerine kuvvet gönderilince, çapulcular İmralı tarafına kaçmışlar ve burada saklanmışlardır. 14 Şubat 1921’de asker kaçaklarını ve Zalim Çavuş’ u yakalamak için asker İmralı’ya gelince, Kör Rifat ve Karmanlı Nuri Alay Komutanına kasabayı terketmesini ve Zara’ya gitmesini söyler. İmralı’yı kuşatan isyancılar Alay Komutanı Binbaşı Halis’i ve askerlerin bir kısmını şehit ettiler, bir kısmını da esir aldılar. Bucak müdürü olan Haydar Bey isyancılara karşı tedbir almadığı gibi, onları yönlendirmiş, diğer kabilelerden İmralı’ya kuvvet göndermelerini istemiştir.

Kan dökülmesini önlemek için Hükümet bölgede tanınan ve Danıştay üyeliği de yapmış  bulunan Şefik Bey’i Zara’ya isyancılara gönderdi. Bundan da bir sonuç alınamayınca 10 Mart 1921’de Elazığ, Erzincan ve Sivas bölgesinde sıkıyönetim ilan edildi.

İsyanın bastırılması için Merkez Ordusu Komutanı Nurettin Paşa 13 Mart 1921’ de hükümet tarafından görevlendirildi.
Koçkiri aşireti tarafından başlatılan isyan hareketinde asiler Türkkeşlik köyünde, İmralı’da birçok Türk’ü öldürdüler Kemah ve Erzincan bölgesindeki bazı Türk köylerini de yaktılar.

26 Mart 1921’ de Koçkiri aşireti reislerinden Alişan, Kürdistan, bağımsızlığının Avrupa devletleri tarafından tanındığını, Pülümür aşiretlerinin reislerine yazdığı mektuplarla bildirerek onları da isyana davet etti; ancak bundan olumlu bir netice alamadı. Koçkiri isyancılarıyla Kemah, Erzincan, Refahiye, Zara bölgelerinde askeri kuvvetlerle, isyana karşı olan halk arasında çarpışmalar devam etti. İsyanın bastırılması için Giresun Müfrezesinin başında bulunan Osman Ağa (Topal Osman) da büyük gayret gösterdi.

17 Haziran 1921’ de isyanın elebaşlarından Haydar Bey’ in kardeşi Alişan ve 32 isyancı ileri geleni ile beşyüz asi teslim oldular ve böylece isyan bastırılmış oldu.

Koçkiri ayaklanması Yunanlılarla batıda savaşın devam ettiği bir sırada çıkarılmıştı. Amaç Türkiye’yi parçalama ve kardeşi kardeşe düşürmek, kardeşliği ortadan kaldırmaktı. Millî Mücadelenin devam ettiği bir sırada ortaya çıkarılan Kürtçülük hareketi bu yönüyle önemliydi. Ancak İtilaf Devletleri ve onların maşaları olan aşiret reisleri amaçlarına ulaşamadılar.

Pontusçular bastırdıkları haritalarda, merkezi Samsun olmak üzere, Batum’dan İnebolu’ya ve Kastamonu, Çankırı, Yozgat, Sivas, Tokat, Amasya, Çorum, Gümüşhane ve Erzincan’ı içine alan topraklar üzerinde Pontus Devleti kurmak istiyorlardı. Yunan “Megalo İdea” sının genişliği ve Türkiye için ifade ettiği tehlike açıkça ortadaydı. Bir yandan Ege Bölgesi’ni, diğer yandan Doğu Karadeniz’i de ele çeçirmeye çalışıyordu. Yunanlıların sistemli çalışmaları ile son elli yıl içinde Samsun çevresine 30.000 Rum getirilmişti.

Birinci Dünya Savaşı’nda burada yaşayan Rumlar Yunanistan ve Rusya yararına casusluk yaptılar, Türk cephesi gerisinde düşmanlıktan geri kalmadılar. Ruslar Trabzon’u işgal edince, Rusları coşkuyla karşıladılar ve Trabzon Metropoliti Hrisantos şehir yönetimini ele geçirdi. Bu fırsattan yararlanan Rumlar serbestçe silahlanmaya başladılar. Rus ordusuna katılan Rumlardan bir gönüllü tümen kuruldu. Ancak 1917 Bolşevik Devrimi üzerine bu tümen de dağıldı. Mevcudu 12.000’e varan bu tümen, biraz daha çalışarak iki üç kat artabilirdi. Nondros Ateşkesi sırasında bu tümenin dağılmış olması İstiklal Savaşı başlangıcında büyük bir şanstı.

Rusların çekilmesinden sonra Pontusçuluk yine gizli duruma geldi. Paris Barış Konferansı sırasında Rumlar çok yoğun bir propandaya giriştiler. Samsun yöresinde Müslümanların Hıristiyanları katlettikleri iddialarını ileri sürdüler. Diğer yandan yalan nüfus üstünlüğü iddialarında da bulunuyorlardı. Hatta buradaki Rumların, bu katliamdan kurtulmak için, Bolşevik tehlikesine rağmen Rusya’ya göç ettiklerini ileri sürüyorlardı. Troçki’ye de bir mektup yazarak, Pontus Cumhuriyeti’nin kurulması için yardım istediler.

Birinci Dünya Savaşı sırasında, seferberliğe gelmeyen veya kıtalarından kaçan Rumlar dağlarda çeteler kurmuşlardı. Yalnızca Bafra yöresinde ll Rum köyünden 1.500 silahlı Rum çetecisi çıkmıştı. Rumlar Türk köylerine saldırarak öldürme ve yağmaya başladılar. Mondros Ateşkesi’nden sonra ise Yunanistan’dan getirilen silahlar ve destek sayesinde kuvvetlendiler. İngilizler de kendilerini destekliyordu. Bundan yararlanarak Türk köylerine saldırıları çoğaldı. Yalnız Samsun yöresinde 700’den çok Türk’ü öldürüp, yağma ve tecavüzde bulunmuşlardı. Rumlar’ın bu şekilde saldırıları karsısında Türkler de kendilerini korumak için çeteler kurdular. Bunların en önemlisi, Topal Osman Ağa çetesiydi. Bu daha sonra İstiklal Savaşı’na büyük yararları dokunacak bir kuruluştu.

Bunlara karşı alınan önlemler yetersiz görüldüğü için 24 Nisan 1920’den sonra Merkez Ordusu kuruldu. 10.000 kişilik ordu 1921’de tenkil (bastırma) harekatına başladı. Samsun’daki Metropolit ve papazlar, yıkıcı çalışmaları yüzünden İstiklal Mahkemesi’ne verildiler. Merkez Ordusu’nun mevcudu 1922’de 20.000’e çıktı. Pontus tehlikesi ancak Şubat 1923’te kesinlikle ortadan kaldırılabildi. 10.886 çeteci yakalandı ve 11.188 asi öldü. Geri kalan Rumlar Yunanistan’a göç ettiler. Bu bölgede çalışan İstiklal Mahkemesi Pontus olayına katılmak ve kışkırtmacılık suçundan üçü Müslüman 174 Rum’u idam etti.

“Bugün Ankara’da türeyenler, kendilerine millet ve memleket hâdimi ve halâskârı süsünü verenler, dün bütün varlığımızı eriten, kanımızı iliğimizi emen, İttihatçılardan başka kimseler değillerdir. Bunlar kendi keselerini dolduracaklar. O, bitmez tükenmez varlıklı yedi düvele, hiç bizim karşı koyacak kuvvetimiz var mı? Karşı geldikçe başımıza bu felaketler gelmektedir. Başımızda yedi evliya kuvvetinde bir Hakan, altı yüz senelik şerefli bir varlığa dayanan koskoca bir sultan var. O dilediğini ferman eder, bildiğini işler, bize böyle dikbaşlılık etmek, ileri geri sözler söylemek değil, elbette ki, o mübareğin her buyruğuna baş eğmek düşer. Bu Allah’ın emridir.”

Diğer taraftan Hürriyet ve İtilaf Fırkası üyesi olanlar da Kuvayı Milliye’nin köyleri soyduğunu, İzmir ve Batı vilayetlerini işgal eden ordunun Yunan ordusu olmadığını, burayı işgal eden güçlerin Halife ordusu olduğu propagandasını yaptılar. Bu propagandalarla ortamı hazırlayan vatan hainleri Delibaş Mehmed ile temasa geçerek ayaklanmanın O’nun tarafından yapılmasını sağladılar.

2 Ekim 1920 günü Çumra’dan hareket eden Delibaş Mehmed İçeri Çumra’ya geldiğinde telgraf hatlarını kesti. Asiler ellerinde kılıç, sopa, kama, av tüfeği vb. aletlerle Konya’ya yürüdüler ve 3 Ekim’de şehre girdiler. Hükümet konağını işgal eden asilerle çarpışma akşama kadar devam etti. Hükümet konağını koruyan polis ve jandarmaların cephanelerini bittikten sonra Delibaş, hükümet binasına girdi. İsyancılar resmi  binalar dışında Kuvayı Milliyeye taraftar olan vatanseverlerin evlerine de baskınlar düzenleyerek yağmaladılar. Mazlumzade Osman Efendi’yi vali seçtiler. Jandarma ve polis müdürlüklerine de istediği kişileri tayin ettiler.

Delibaş tarafından çıkartılan ve Konya çevresinde de yayılan ayaklanmanın bastırılması için Kolordu Komutanı Derviş Paşa ve İçişleri Bakanlığı görevini de yapan Albay Refet Bey görevlendirildiler. Asilerle yapılan çarpışmadan sonra 6 Ekim 1920’de şehre girilerek şehir asilerden temizlendi.